La Dirección y Administración del Fondo corresponde a un Comité Administrador integrado por cinco miembros propietarios y tres suplentes nombrados para un período de dos años por el Consejo Directivo del Banco Central. El referido Consejo Directivo designa al Presidente y al Vicepresidente del Comité.

Como parte de sus prácticas de buen gobierno para fortalecer las acciones adecuadas de control y de gestión de riesgo, el Fondo además del Departamento de Auditoria Interna, tiene un Comité de Auditoría.

El Presidente del Comité Administrador del Fondo, o el que hace sus veces, es su Representante Legal y puede intervenir en los actos y contratos que el Fondo celebra, así como en las demás actuaciones judiciales o administrativas en las que el Fondo tiene interés.

Las disposiciones que rigen las facultades y el funcionamiento del Comité Administrador, han sido emitidas  por el  Consejo Directivo del Banco Central, y han aprobado la normativa que regula en general la gestión de administración y recuperación de los activos que posee el FOSAFFI; y de forma especial y previa  aprueban los actos de disposición del Fondo cuando exceden de US$ 114,285.71.

Adicionalmente el presupuesto de funcionamiento del Fondo es aprobado por el Banco Central, y a la vez aporta los fondos necesarios.